Caractérisation de la méthylation de l’adn des corticosurrénalomes par digital-droplet pcr.
J. Sakat*a (M.), M. Neoua (M.), S. Dirya (Mlle), J. Nectouxb (Dr), S. Garineta (M.), F. Letourneurc (Dr), S. Gaujouxd (Pr), B. Doussetd (Pr), J. Bertherata (Pr), G. Assiea (Pr)
a INSERM U1016 Institut Cochin, 24 rue du Faubourg Saint Jacques, 75014 Paris., Paris, FRANCE ; b Laboratoire de Biologie moléculaire, Hôpital Cochin, 27 rue du Faubourg Saint Jacques, 75014 Paris., Paris, FRANCE ; c Laboratoire de Genomique, Hôpital Cochin, 27 rue du Faubourg Saint Jacques, 75014 Paris., Paris, FRANCE ; d Service de Chirurgie Digestive et Endocrinienne, Hôpital Cochin, 27 rue du Faubourg Saint Jacques, 75014 Paris., Paris, FRANCE
* julien.sakat@inserm.fr
Introduction : La méthylation de l’ADN est un facteur pronostique majeur des corticosurrénalomes. L’objectif est de mettre au point une mesure ciblée de la méthylation de l’ADN par digital-droplets-PCR (ddPCR), peu coûteuse et facile à utiliser en routine.
Méthode : Le dessin des sondes de ddPCR s'appuie sur l'analyse de 14 régions riches en CpG, séquencées en NGS après traitement par bisulfite (les cytosines non methylées sont transformées en thymidine et les cytosine methylées restent des cytosines). La ddPCR est réalisée sur QX200 (BIORAD). L’analyse Bio-informatique programmée en R.
Résultats : Après séquençage NGS, l’analyse des brins d’ADN montre que le statut méthyl d’un CpG n’est pas forcément lié à celui des CpG suivants. Pour la ddPCR il est essentiel de trouver des CpG consecutifs qui varient ensemble sur un même brin, car on utilise deux sondes, l’une spécifique des allèles méthylés, l’autre des allèles non methylés. Nous avons identifié 30 regions sur les 14 ilôts CpG avec une co-variation de la méthylation des CpG supérieures à 80%. Un deuxième critère de selection pour les sondes est la valeur discriminante entre les groupes hypermethylées et non hypermethylées. Nous avons identifié 20 sondes avec une discrimination supérieure à 80%. Sur les 258 sondes de 29 bases possibles, 4 vérifient ces deux critères. La performance des sondes sera présentée.
Conclusion : Cette analyse bio-informatique montre qu'il est possible de dessiner des sondes analysant le statut de méthylation de regions specifiques du genome, et ouvre la voie d'un test de méthylation des corticosurrenalomes en routine.
L’auteur n’a pas transmis de déclaration de conflit d’intérêt.